PCR实验室建设设计的送、排风设计及排放准则，PCR实验室建设并没有严格的净化要求，但是为避免各个实验区域间交叉污染的可能性，宜采用全送全排的气流组织形式。同时，要严格控制送、排风的比例以保证各实验区的压力要求。
（1）核心实验室气流组织应采用顶送侧排方式。
（2）送风口宜远离生物安全柜等通风设备，避免气流干扰。
（3）高效过滤排风口应设计在实验室内污染最严重的区域，且为单向。
PCR实验室建设的空气流向必须严格按照试剂储存和准备区→标本制备区→扩增区→扩增产物分析区空气压力逐渐递减方式进行，防止扩增产物顺空气气流进入扩增前的区域。各个区域之间应具备单向的实验工艺流、物流、人流与气流，形成单向流程的保护屏障，避免实验之间的相互干扰，防止核酸气溶胶对实验过程造成污染产生假性结果。需要严格的通风设计，若通风设计不合理，会使风速流向混乱，甚至危害人们健康。
PCR实验室建设人流路径与物流路径设计要合理
进入实验室区域工作人员应该按照以下路径：公共清洁区——更衣间——缓冲间——污染实验区。
工作人员退出实验室的路径为：污染试验区——缓冲间——淋浴间——更衣间——公共清洁区。
PCR实验室污染的预防与控制
PCR实验室建设的核心问题是如何避免污染。在实际工作中，常见的有以下几种污染类型：扩增产物的污染；天然基因组DNA的污染；试剂的污染以及标本间的污染。
由于一旦发生污染，实验就必须停止，直到找到污染源为止，而且实验结果必须作废，需重新进行实验。所以发生污染后再围绕实验室来寻找污染源不但耗时而且繁琐，浪费人力物力。因此要避免污染，首先应是预防，而不是排除。
PCR实验室建设不可缺少的严格管理如以下几点：
（1）严格控制进出实验室的人员。与实验无关的人员不得随意进出实验室，有条件的情况下要设置独立的通道和进出整个实验区的门；
（2）尽量减少在实验区内不必要的走动以减少交叉污染的可能性；
（3）扩增产物分析区是主要的扩增产物污染来源，废液不能直接排放，需经过污水系统处理后达标排放。用过的吸头等一次性材料也应经消毒液浸泡消毒后统一处理，如焚烧等；
（4）扩增产物分析区可能会用到某些可致基因突变和有毒物质，应特别注意实验人员的安全防护。完备的实验室配套设施是保证实验工作的必要条件，应根据各个实验室实验内容的不同配备相应的设备和仪器，如超净工作台、离心机、加样器等。