无菌实验室主要用于生物化学、生物医学、微生物学、动物实验、基因重组以及生物制品等研究使用的实验室，统称洁净实验室。 
1、组成：无菌实验室由准备室、洗涤室、灭菌室、无菌室、恒温培养室和普通实验室六部分组成。这些房间的共同特点是要求地板和墙壁的质地光滑坚硬，仪器和设备的陈设简洁，便于打扫卫生。
2、内外间要求：无菌实验室应有内、外两间，内间是无菌室，外间是缓冲室。所有的房间面积不宜过大，吊顶不宜过高，要便于空气灭菌。
3、安全要求：无菌实验室、生物安全实验室必须保证人身安全、环境安全、废弃物安全和样本安全，能长期而安全地运行，同时还需要为实验室工作人员提供一个舒适而良好的工作环境。
一、无菌实验室基本要求和配置条件分为以下几点：　　
1、准备室用于配制培养基和样品处理等（室内设有试剂柜、存放器具或材料的专柜、电源、电炉、冰箱、实验台和上下水道等）。
2、洗涤室用于洗刷器皿等（由于使用过的器皿已被微生物污染，有时还会存在病原微生物。因此，在条件允许的情况下，最好设置洗涤室。室内应备有加热器、蒸锅，洗刷器皿用的盆、桶等，还应有各种瓶刷、肥皂、洗衣粉、去污粉等）。
3、灭菌室主要用于培养基的灭菌和各种器具的灭菌室内应备有烘箱、高压蒸汽灭菌器等灭菌设备及设施。
4、无菌室是系统接种、纯化菌种等无菌操作的专用实验室（无菌室也称接种室，在微生物工作中，菌种的接种移植是一项主要操作，这项操作的特点就是要保证菌种纯种，防止杂菌的污染。在一般环境的空气中，由于存在许多尘埃和杂菌，很易造成污染，对接种工作干扰很大）。
二、无菌实验室建设和装修的主要组成部分为以下几点：
1、密闭良好的围房构建；2、易净洁卫生的地坪处理；3、优质的空气调节与循环净化过滤系统；4、灵敏的洁净检测系统与控制系统；5、设计合理的气压力隔离系统。
三、无菌实验室整体结构：
1、无菌实验室设计的各项建筑物应坚固耐用、易于维修、易于清洁，并具备能防止食品、食品接触面及内包装材料遭受污染(如有害动物的侵入、栖息、繁殖等)的结构。
2、为防止交叉污染，应分别设置人员通道及物料运输通道，人员通道应按洁净室通道要求严格执行，各通道应装有空气幕(即风幕)或双向弹簧门及电子灭蝇(蚊)器等防虫设施。
3、须将通向外界的管路、门窗和通风道四周的空隙完全填充，所有窗户、通风口和风机开口均应装上防护网。
4、无菌实验室的高度应能满足工艺、卫生要求，以及设备安装、维护、保养的需要。
四、无菌实验室的操作台：
无菌工作区最好用无菌操作台，或者用洁净工作台代替，需要放置在离门最远的地方。
五、无菌实验室里的地面：
无菌实验室设计的地面应使用无毒、防滑、不渗水、不吸水、无裂隙且易于清洗消毒的建筑材料铺砌(如耐酸砖、水磨石、混凝土等)，地面应有适当坡度(以1.0~1.5%为宜)。
六、无菌实验室里的屋顶与天花板：
1、屋顶和天花板应选用不吸水、表面光洁、无毒、防霉、耐腐蚀、易清洁的浅色材料覆涂。
2、食品及食品接触面暴露的上方不应设有蒸气、水、电气等辅助管道，以防止灰尘或冷凝水等落入。
七、无菌实验室的墙壁与门窗：
1、无菌实验室的墙壁应采用无毒、不吸水、不渗水、防霉、平滑、易清洗的浅色材料构筑，用此材料装修高度应直至屋顶。
2、所有门窗结构应采用防锈、防潮、易清洗的密封框架。
八、无菌实验室里的采光、照明设施：
无菌实验室应有充足的自然采光或人工照明，加工场所工作面的混合照度不应低于300LUX，配料及灌装车间不应低于800LUX。
九、无菌实验室里的空气处理净化设施：
1、无菌实验室必须安装有效的通风设备，其空气流向应从清洁区域流向非清洁区域，采用机械通风时，换气量应大于3次/小时。
2、无菌实验室温度应控制在15~27℃之间，湿度控制在50%以下为宜。
3、无菌实验室入口处应分别设有人员和物料的净化设施。
十、无菌实验室里的管理和消毒，内部装饰、消毒要求都很严格：
1、无菌实验室应每次使用前后用0.1%苯扎溴铵溶液或2%甲醛液擦拭工作台面及可能污染的死角，湿拖地面，打开无菌空气过滤器及超净工作台的开关30分钟，紫外线杀菌灯照射1小时。
2、操作人员用肥皂洗手后进入缓冲间换拖鞋，用75%酒精棉球擦手，穿戴工作衣帽、口罩。将所需物品剥去牛皮纸及外包装，从传递窗移入操作间，再用0.1%苯扎溴铵溶液泡手后进入操作间，在酒精(或煤气灯)火焰区(火焰高度3-5cm)操作。
3、操作者不得用嘴直接吸吹吸管，防止致病菌感染操作人员及口中的杂菌污染供试品。
4、供试品表面消毒，如为安瓿先用砂轮划痕后用2%碘酒棉球擦拭，再用75%酒精棉球擦拭、待干，也可以用消毒液浸泡消毒。
5、注射器如需回抽时，应对着火焰吸入无菌空气。
6、在无菌操作中切勿大幅度或快速动作、拖行，以免搅动空气中尘埃微粒。
7、所用的器材如培养基、稀释剂配制后经121℃湿热灭菌30分钟，吸管培养皿等均应洗涤，干燥，包扎后经160℃干热灭菌2小时才能使用。
8、无菌实验室一般设置在微生物实验室内，室内室外装备的换气设备必须有空气过滤装置。在获得了无菌环境和无菌材料后，只有保持无菌状态，才能对某种特定的已知微生物进行研究。所以控菌能力和控菌稳定性是无菌室的核心验收指标。业内通行的验收标准为100级洁净区平板杂菌数平均不得超过1个菌落，10000级洁净室平均不得超过3个菌落，在通行标准之外，还应该定期保养与维护。只有建设时合理的选材指标，合适净化等级和长期管理与维护，才能使无菌实验室发挥其应有的作用。