P3实验室的气流方向为单方向流动：
在P3实验室的平面布局上明确人、物、洁净、污染的进出路线，明确划分出清洁区、半污染区和污染区。以污染区为核心经过多重屏障（须经双层连锁气闸门）和洁净区分离。污染区压力最低以保证气流是从洁净区——半污染区——污染区，即从低污染度流向高污染度。该实验室试验间负压为-40Pa，准备间为和实验室的排风均经过两道高效过滤器后的负压管道到二楼顶上以>12m/s的风速排向空中，达到防止病原体从实验室中逃逸的目的生物安全柜-25Pa，气闸间为-15Pa，内更间为-5Pa，室压力形成一定梯度保证气流单方向流动。
P3实验室的空调系统独立而复杂：
独立是指一个在分隔的独立区域专门作的一个空调系统；复杂是空调系统要和一次隔离的设备混合完成二次隔离且在系统配置上有变风量阀件和自己设计的带灭菌装置的排风高效过滤器等。生物安全柜的位置不仅与门口、走道有关也与风口位置有关，同样不能产生扰动、逆向、上升气流使操作者受到感染；生物安全柜安装后要进行调试以达到规定的指标，其中各运行状态的风量调整与空调密切相关，排风量约2000m3/h*台，它会导致房间的排风波动，严重影响着房间的负压值。房间小而风量变化大给设计带来很大难度。
排风与生物安全柜须互锁；房间不许有瞬时正压的出现，排风与送风须互锁；在就是文丘里阀的使用。菲尼克斯的文丘里阀专门适合通风柜和生物安全实验室使用。它有最灵敏快速的反应速度在几秒之内，足以保证消除房间正压的产生。文丘里阀分为变风量型、双稳态型和定风量型。变风量阀可满足P3实验间的变风量控制要求又达到尽可能的节约能量。变风量阀的应用还解决了排风口不能多设的问题。在旧建筑中砖混结构墙洞不能开大开多，排风口的设置中充分利用了双层三七墙的特点，将两级高效过滤器以离污染源最近的距离连续码放，做到使污染风道最短。为完成消毒程序而装设了严格的气密阀。P3实验室的空调为全新风系统，为了保证实验室试验过程的连续运行采用了一备一用的送排风装置等。
P3实验室的其他设施均严格控制：
P3实验室电气实行双路供电，不设真空管线、给水、排水、工厂蒸汽等。对P3专用脉动真空消毒器设备的给排水、蒸汽、真空排气等均由设备自身处理达标后方可排放。
实验室必需的CO2气体管线设有在线过滤器和止逆阀，由机房进入P3准备间。各种设施的设置和安装均不能破坏P3实验室的气密性。P3实验室的自控系统为分布式控制，有上位机、下位机和通讯系统。有对负压通风的控制、显示、报警，温度湿度的控制（恒温恒湿机组）显示，对恒温室的连锁控制和温度显示，由于采用了文丘里阀和电动气密阀对风量的调节、负压的维持、各运行工况的转换提供了保证，在自控室对P3实验室的运行状况可以一目了然并进行操作。
P3实验室的安全使用除设计之外要验收合格，要严格操作管理：
如生物安全柜的各项测试验证、P3消毒锅的灭菌排放达标验证、空调系统的房间负压及排放达标验证等。实验过程禁止危险操作，必须严格执行《生物安全手册》。